[서울=뉴스핌] 이성화 기자 = 삼성전자가 국내 미등록 특허권에 대한 114억원대 법인세 부과처분이 위법하다며 세무당국을 상대로 낸 행정소송에서 최종 승소했다.

대법원 3부(주심 노정희 대법관)는 삼성전자가 동수원세무서장을 상대로 "법인세 원천징수처분 등을 취소해달라"며 낸 소송 상고심에서 원고 승소 판결한 원심을 확정했다고 20일 밝혔다.

삼성전자는 지난 2011년 7월 마이크로소프트(MS)와 안드로이드 운영체제 기반의 스마트폰과 태블릿 생산에 필요한 특허권 사용료(로열티)를 지급하는 내용의 계약을 체결하고 세무당국에 관련 법인세를 납부해왔다.

서울지방국세청은 2016년 10월부터 2017년 3월까지 법인세 통합조사를 실시한 후 삼성전자가 2013 사업연도의 특허권 사용대가 관련 법인세를 원천징수해 납부하면서 MS에 대한 법인세를 과소하게 원천징수·납부한 것으로 보고 동수원세무서에 과세자료를 통보했다.

동수원세무서장은 2017년 4월 "국내 미등록 특허권에 대한 사용료 소득이라도 그 소득이 해당 특허권을 국내에서 제조·판매한 제품에 사용한 대가에 해당한다면 법인세법상 원천징수대상인 국내원천소득에 해당한다"며 법인세 원천세 113억9102만여원에 대한 추가 징수 처분을 내렸다.

이에 삼성전자는 "한·미 조세협약에 따라 미국법인이 국내에 등록되지 않은 특허권의 사용 대가로 받는 사용료 소득은 국내원천소득으로 볼 수 없다"고 주장하며 법인세 원천징수처분 등 취소소송을 제기했다.

1심은 "국제조세조정에 관한 법률상 외국법인의 국내원천소득의 구분에 관한 경우 소득세법 및 법인세법 규정에도 불구하고 한·미 조세협약에 따라 판단해야 한다"며 삼성전자 측 손을 들어줬다.

1심 재판부는 '미국법인이 특허권을 국외에서 등록했을 뿐 국내에는 등록하지 않은 경우 미국법인이 그와 관련해 지급받는 소득은 그 사용의 대가가 될 수 없으므로 이를 국내원천소득으로 볼 수 없다'는 대법원 판례를 근거로 들었다.

그러면서 "원고가 2013 사업연도의 이 사건 특허사용료에 대해 추가로 원천징수해 납부해야 할 법인세는 존재하지 않는다"고 설명했다.

항소심과 대법원 또한 같은 판단을 내렸다. 대법은 "원심 판단에 국내세법과 조세조약의 관계, 특허권의 속지주의 원칙 및 국내법에 의한 조약배제에 관한 법리를 오해하는 등의 잘못이 없다"며 상고기각 이유를 설명했다.

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