비록 "지주회사"라는 용어에 익숙하지 않은 경우라고 하더라도 "OO홀딩스" 또는 "OO지주"와 같은 회사명을 들어본 경험이 있는 사람들이 많을 것이다. 이러한 회사들은 주로 주식의 소유를 통해 다른 회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 회사로서 "지주회사"에 해당하는데, 이러한 지주회사는 국제통화기금(IMF) 외환위기 이후 순환출자 해소 등 기업 지배구조의 개선을 위해 도입된 후 지난 20년 넘는 기간 동안 한국의 기업 지배구조에 있어 중요한 기능을 담당해 왔다.

특히 공정거래법은 일정한 요건을 충족하는 지주회사(통상 자산총액 5000억원 이상이고, 회사가 소유하고 있는 자회사의 주식이 회사의 자산총액의 50% 이상인 회사)에 대해 공정거래위원회에 신고할 의무를 부과하고, 여러가지 종류의 행위 제한(부채비율 제한, 자회사 주식 보유 비율 제한, 일반지주회사의 금융계열회사 지분 보유 금지 및 금융지주회사의 비금융계열회사 지분 보유 금지 등)도 부과하고 있다.  

반면, 지주회사가 됐다고 해서 공정거래법이 어떠한 직접적인 혜택을 부여하고 있는 것은 아니므로, 사업을 하는 입장에서는 굳이 위와 같은 지주회사 요건을 충족하여 규제를 받을 이유가 있을지 의문이 들 수 있을 것이다.

즉 지주회사로 전환을 하는 경우, 순환출자 해소 등 기업지배구조를 단순화할 수 있고, 한계기업을 보다 쉽게 정리할 수 있어 구조조정 및 신사업 리스크 완화가 용이하며, 의사결정 구조가 단순화되어 효율성이 증대될 수 있다는 등의 많은 장점이 논의되나, 사실 이러한 장점은 쉽게 피부로 와 닿을 수 있는 장점이 아니라고 생각되는 경우가 많다. 

오히려 지주회사로 전환하면 공정거래법상 행위제한 규정을 준수하여야 하고, 나아가 행위제한 규정을 준수하기 위해 자회사 주식을 추가로 취득하여야 하는 등 대규모 자금조달이 필요한 경우도 생길 수 있는데, 이러한 부담을 감수하더라도 기업이 지주회사 전환을 결정하는 것은 쉬운 일은 아닐 것이다.

이러한 상황을 고려하여 정부는 기업들이 지주회사에 대해 여러 과세특례를 부여하여 지주회사 전환을 독려해 온 것으로 보인다. 예를 들어 지주회사가 자회사로부터 받는 수익배당금을 익금불산입할 수 있도록 한 지주회사 수입배당금액의 익금불산입 특례(법인세법 제18조의3 – 단 최근 입법예고된 법인세법 개정안에서는 이러한 지주회사에 대한 익금불산입 특례가 삭제된 상태이다)나, 일감몰아주기에 따른 증여세 과세 배제(상속세 및 증세세법 시행령 제34조의3 규정) 등이 그 예이다.  나아가 정부는 지주회사로 전환하는 과정 자체에 대해서도 특례 규정을 두고 있는데, 그것이 바로 조세특례제한법 제38조의2에 따른 지주회사 전환 관련 과세특례이다.

이러한 과세특례의 내용을 이해하기 위해서는 먼저 지주회사 전환이 어떠한 방식으로 이루어지는가에 대한 이해가 필요하다. 현재 우리나라 실무에서 가장 많이 사용하고 있는 방법은 회사를 인적분할하고, 주주가 분할신설회사(사업회사)의 주식을 존속회사(지주회사)에 현물출자하여 분할신설법인(사업회사)이 존속회사(지주회사)의 자회사가 되도록 하는 방식이다. 

즉, 회사의 경영권에 관심이 많은 주주는 사업회사의 주식을 현물출자하고 그 대가로 지주회사의 주식을 취하도록 하고, 회사의 성장에 관심이 많을 다른 주주들은 사업회사의 주식을 계속 보유하도록 하게 하는 것인데, 이 과정에서 필수적으로 필요한 것이 바로 주식의 현물출자 과정이다.

문제는 우리 세법상 현물출자 과정에서 발생하는 양도차익에 대해 과세를 하고 있다는 것인데, 조세특례제한법 제38조의2에 따른 과세특례는 바로 이러한 지주회사 전환 중 현물출자 과정에서 발생한 양도차익에 대한 과세를 해당 지주회사 주식을 처분할 때까지 이연할 수 있도록 하는 내용이다.

그러나 이러한 과세특례에 대해서는 상당한 비판이 제기되어 왔다. 특히 현물출자에 참여하는 주주들이 주로 회사의 경영권에 관심이 많은 대주주인 경우가 많으므로, 이러한 과세특례는 결국 대주주를 위한 과세특례라는 비판이 있다. 

이에 따라 2019년말 개정된 조세특례제한법에서는 현물출자 후 4년까지는 과세이연의 특례가 적용되나, 그 이후에는 3년에 걸쳐 양도소득세 또는 법인세를 분할납부하도록 과세특례의 범위를 축소하였고(이른바 4년 거치 3년 분할납부 방식), 다만 위 개정 규정이 2022. 1. 1. 이후 현물출자를 하는 경우부터 적용되도록 유예규정을 두었다.  그리고 이후 2021년 말에 개정된 조세특례제한법에서는 다시 위 과세이연 특례의 유예기간을 2년간 연장하여, 2023년 말까지 현물출자한 경우에는 현재와 동일하게 과세이연을 받을 수 있고, 2024. 1. 1. 이후 현물출자하는 경우에는 '4년 거치 3년 분할납부'가 적용되도록 하였다.  즉, 앞으로 현재와 같은 과세이연 제도의 유효기간은 약 1년 정도 남은 셈이다.

소득이 있는 곳에 세금이 있다는 것은 당연한 명제이다. 그러나 헌법재판소도 조세특례제한법 제38조의2에 따른 과세특례에 대해 "지주회사의 설립을 촉진하여 기업구조조정의 활성화를 유도하고, 복잡한 계열사 간 순환출자구조를 지주회사 중심의 단순 지배구조로 전환하여 지배구조의 투명성을 제고하기 위한 것"이라고 설명한 것처럼(헌법재판소 2016. 5. 26 자 2015헌바176 결정), 위 과세특례는 지주회사 전환을 독려하기 위한 뚜렷한 정책적 목표를 가지고 있는 과세특례이다.  실제 이와 같은 과세특례가 없다면, 상당한 노력과 자금이 소요되는 지주회사 전환을 독려하기에는 일정한 한계가 있을 수 밖에 없다.

참고로 상장회사의 지주회사 전환 과정은 적격분할의 요건 충족을 위한 검토 및 재상장 및 변경상장의 절차도 진행하여야 하므로, 사실상 1년 가까운 기간이 소요되게 되는데, 현재 지주회사 전환을 고려하고 있던 상당 수 기업들은 2023년 말까지 지주회사 전환을 완료하지 못하면 축소된 과세특례의 적용을 받아야 한다는 점에 벌써부터 지주회사 전환 결정에 상당한 부담을 느끼고 있다.

지난 2021년말 국회에서는 '코로나19 등 이례적인 상황으로 기존 유예기간 2년 이내에 지주회사 설립∙전환이 어려운 사정을 감안'해 조세특례제한법 제38조의2에 따른 과세특례의 유예기간을 연장하였는데, 당시 이러한 연장결정은 해당 과세특례의 장단점에 대해 충분한 논의가 이루어진 이후에 진행된 것이 아니라는 점에서 비판을 받은 바 있고, 또한 당시 기업들의 입장에서는 위 과세특례의 유예기간이 연장될 것을 미처 예상하고 있지 아니하여, 이후 유예기간의 연장에도 불구하고 지주회사 전환의 의사결정을 신속히 진행하지 못했던 면도 있다. 이 전례를 고려할 때 지주회사 전환의 과세특례의 연장 여부를 다시 한번 논의한다면, 이번에는 2021년말의 경우와 달리, 보다 빨리 이에 대해 사회적 논의를 시작할 필요가 있다.

지주회사 전환을 통하여 지배구조의 투명성을 제고시킨다는 목표를 달성하기 위해 과세특례 연장이라는 혜택을 계속 줄 것인지, 그렇지 않으면 특혜 시비를 없애기 위해 지주회사 전환에 대한 유인을 없앨 것인지에 대해서는 여러 가지 상황들을 고려한 신중한 결정이 필요할 것이다.

이정환 화우 변호사  

2003년 서울대학교 법과대학

2007년 서울대학교 법과대학원(법학석사 수료)

2012년 제1회 변호사시험 합격

2012년 성균관대학교 법학전문대학원

2012~2014년 법무법인 율촌

2014년 법무법인 화우 입사 

2019년 미국 Georgetown University Law Center(LL.M.)

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