[세종=뉴스핌] 김기랑 기자 = 중소벤처기업부의 내년도 주요 사업들이 전년에 비해 예산이 늘거나 사업 기간이 연장됐지만, 정작 사업의 실수요와 운용 효율성 등은 개선되지 않고 있다는 지적이 나온다. 규모 확장에 비해 집행 구조가 균형을 이루지 못하고 있다는 비판이다.

중소기업을 대상으로 한 '모태펀드 출자사업'은 투자 여력에 비해 예산이 빠르게 불어나고, 소상공인을 위한 '경영안정 바우처 사업'은 지원 기준이 매년 바뀌며 운영비가 중복 편성되는 등 구조 전반의 정밀한 점검이 필요하다는 목소리가 커지고 있다.

◆ 모태펀드 출자 1조1000억…투자 여력보다 '과다 편성' 지적

10일 중기부와 국회예산정책처 등에 따르면, 중기부는 '중소벤처기업과 소상공인의 진짜 성장'이라는 기본 방향 아래 ▲창업·벤처 4대 강국 도약(3조5600억원) ▲디지털·인공지능(AI) 대전환(3조7500억원) ▲소상공인 위기극복(5조5300억원) ▲지역기업 생태계 구축(1조3200억원) ▲동반성장 생태계 구축(5700억원) 등 5대 투자 방향을 중심으로 내년도 예산안을 편성했다.

특히 벤처투자시장을 확대하고 회수시장을 활성화하기 위한 '중소기업 모태조합 출자사업'의 내년도 예산을 역대 최대 규모로 확대 편성했다. 해당 사업의 내년도 예산은 1조1000억원으로, 올해 본예산(5000억원)과 비교해 6000억원(120%) 증가했다.

중소기업 모태펀드 및 자펀드 운용 현황 [자료=국회예산정책처] 2025.11.10 rang@newspim.com

중소기업 모태조합 출자사업은 민간 벤처투자조합(자펀드)에 정부가 출자금을 지원해 조성하는 모태펀드의 핵심 재원 사업이다. 중소벤처기업창업및진흥기금에서 출자해 한국벤처투자가 운용하며, 민간 자금과 함께 벤처·중소기업의 성장 단계별 투자 재원을 마련하는 구조다. 정부가 간접투자 방식을 통해 창업·벤처 생태계의 자금 흐름을 지원하는 대표적 정책 펀드로, 해마다 예산 규모와 투자 방향이 정해진다.

정부 지침상 정부 출자·출연 예산을 재원으로 하는 펀드가 청산되면 청산금은 국고로 회수돼야 하지만, 모태펀드는 벤처투자모태조합 규약에 따라 회수금이 국고로 귀속되지 않고 재투자되는 구조로 운영되고 있다. 이 때문에 올해 9월까지 중소기업 모태펀드가 재출자한 자펀드의 청산금 중 국고로 회수된 사례는 전무한 것으로 나타났다.

지난해 기준 회수재원의 재투자액은 4518억원으로 계획액(4540억원)의 99.5%에 달했다. 그럼에도 중소벤처기업창업및진흥기금 내 해당 사업 계획액은 ▲2023년 2835억원 ▲2024년 4500억원 ▲2025년 8000억원 등으로 꾸준히 확대돼 왔다. 최근 3년간 연평균 57.1%씩 증가한 셈이다.

실제 중소기업 모태펀드는 2005년 출범 이후 2025년 6월까지 총 10조9063억원을 출자해 1353개의 자펀드를 조성했다. 이를 통해 1만1021개 기업에 34조8462억원을 투자했으며, 이 중 308개 펀드가 청산돼 8조9268억원이 회수됐다. 하지만 투자회수금이 국고로 환수되지 않고 대부분 재투자로 이어지는 구조라, 실질적인 회수 성과가 재정 여력 확충으로 연결되지 못하고 있는 실정이다.

연도별 중소벤처기업창업및진흥기금 차입금 이자 상환 집행 현황 [자료=국회예산정책처] 2025.11.10 rang@newspim.com

차입금 이자와 일반회계 전입금 의존도도 빠르게 높아지고 있다. 중소벤처기업창업및진흥기금의 차입금 이자 상환액은 2022년 4191억원에서 2026년 7728억원으로, 같은 기간 일반회계 전입금은 1조1820억원에서 2조1226억원으로 각각 늘어날 전망이다. 이렇듯 기금 재원이 불안정한 상황에서 출자 규모만 급격히 늘면 재정 부담이 커질 수 있다는 우려가 나온다.

이 같은 지적의 배경에는 신규 자펀드 결성과 투자 집행 속도가 예산 확대 속도를 따라가지 못한다는 사실이 자리한다. 2023년에는 38개 자펀드가 신규 선정됐으나 2025년 7월 말 기준 결성된 펀드는 34개(결성률 89%)에 그쳤다. 또 운용 규모는 1조4106억원이었지만, 같은 시점 투자된 금액은 6410억원으로 자펀드 운용 대비 투자 비율이 45.4% 수준에 머물렀다.

지난해에도 67개 펀드가 선정됐으나 올해 7월 말까지 66개만이 결성됐다. 운용 규모는 1조9301억원이었지만, 올해 7월 말 기준으로 405개 회사에 3832억원의 투자가 이뤄지는 등 투자 집행률은 19.9%에 불과했다. 투자 대기자금이 상당 부분 남아 있는 상황에서 예산 증액이 이어진 셈이다.

이에 대해 예정처는 "중소벤처기업 모태조합 출자사업의 규모가 자펀드 결성 속도나 투자 실적에 비해 과도하다"며 "차입금 이자와 회수금 미활용, 일반회계 의존 확대 등 구조적 문제를 고려해 출자 규모를 조정할 필요가 있다"고 강조했다.

◆ '소상공인 바우처'도 지원 기준 혼선·시스템 예산 중복 논란

예정처는 또 다른 중기부 주요 사업인 '소상공인 경영안정 바우처'에 대해서도 운용상 비효율을 지적했다. 해당 사업은 공과금·4대 보험료·통신비·연료비 등 경영 활동비를 지원하는 대액 사업으로, 연 매출액이 3억원 이하인 소상공인에게 연 50만원 한도의 크레딧을 지급한다. 올해 1차 추가경정예산(추경)에 '소상공인 부담경감 크레딧'이라는 사업명으로 신규 편성돼 추진되고 있다. 내년도 예산은 전년 수정 계획 대비 9869억원 감액된 5790억원으로 편성됐다.

소상공인 경영안정 바우처 사업 추진 내용 [자료=국회예산정책처] 2025.11.10 rang@newspim.com

해당 사업에는 지난 9월까지 약 347만건의 신청이 몰렸고, 이 중 270만개사가 최종 선정돼 6860억원의 크레딧을 사용했다. 전체 신청 중 45.7%가 연매출 5000만원 이하, 24.1%가 1억원 이하로 전체의 82.8%가 소규모 소상공인인 것으로 나타났다. 사용처는 4대 보험료(31.9%)와 전기요금(27.0%), 통신비(25.5%) 순이었다.

이에 관해 예정처는 "내년도 사업 지원 목표는 연매출 1억400만원 미만 소상공인 230만명으로 제시됐지만, 전년 사업에서 이미 1억5000만원 이하 기업이 222만개에 달했다"며 "사업 실수요가 충분히 검증되지 않은 상태에서 예산만 책정됐다"고 지적했다.

특히 예정처는 사업 계획과 지원 기준이 해마다 달라져 정책 일관성이 부족하다고 평가했다. 지난해 전기요금 특별지원사업은 연매출 3000만원 이하 소상공인에게 최대 20만원씩 지원하는 방식으로 시작했지만, 이후 6000만원·1억4000만원 이하로 단계적으로 확대됐다. 지원 한도도 20만원에서 25만원으로 상향됐다. 올해에는 사업이 부담경감 크레딧으로 확대되면서 지원 항목이 통신비·차량 연료비까지 늘었고, 한도는 연 50만원으로 높아졌다.

2024년 전기요금 특별지원 사업의 대상 기준 및 지원 한도 변경 내역 [자료=국회예산정책처] 2025.11.10 rang@newspim.com

이 과정에서 지원 대상 기준과 지원 항목이 자주 변경되면서 시스템 보완·홍보 비용이 급증했고, 사업 초기에 혼선이 발생했다는 점이 국회 심사 과정에서도 지적된 바 있다. 내년도 추진 시에는 동일한 혼란이 반복되지 않도록 기준과 세부 계획 등을 확정할 필요가 있다는 제언이다.

아울러 본래 단년도 사업으로 설계된 부담경감 크레딧이 내년에도 이어지면서 운영비와 시스템 예산이 중복 편성되는 구조가 형성됐다는 점도 문제로 지적됐다. 내년까지 1년 동안만 추가로 추진될 사업에 시스템 고도화 비용을 3억원 가까이 지출하는 등 한시 사업에 총 147억원의 운영비를 투입하는 것은 비효율적이라는 비판이다.

예정처는 "예산의 집행 잔액을 재활용하지 않고 새 예산을 투입하는 것은 비효율적 재정 운용"이라며 "시스템 고도화 명목으로 추가 예산이 배정돼 2년간 총 147억원의 운영비가 투입되는 것은 효율적이지 않다. 기금 재원을 보다 면밀히 조정하고, 필수 항목 중심으로 운영비를 재편해야 한다"고 언급했다.

정부세종청사 중소벤처기업부 전경 [자료=중소벤처기업부] 2023.04.19 victory@newspim.com

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